wprowadzana do badanego układu substancja, mająca inny od naturalnego skład izotopowy (zawiera dodatek izotopu promieniotwórczego, rzadziej trwałego, tzw. atom znakujący); zastosowanie izotopu promieniotwórczego ułatwia śledzenie wędrówki i przemian zawierających go substancji; wskaźniki izotopowe są wykorzystywane np. w biologii do śledzenia przemiany materii, w geofizyce do badania wędrówki wody w przyrodzie